گذشته کنشین به سراغش می آید و باعث خراب شدن رستوران آکابکو می شود، جایی که مکان مورد علاقه او برای غذا خوردن بود. در آنجا، او یادداشتی پیدا می کند که روی آن کلمه Junchu نوشته شده است...
هجده ماه پس از وقایع نسخه اول، دولت قانون بهبود اوضاع رسانه را تصویب می کند و این بار جنگ میان گروه های بهبود و Library صورت می گیرد. گروه Library با هرگونه سانسور مخالف است و بر آزادی بیان پافشاری دارد...
زمانی که یک بیگانه که به اختاپوس شبیه است بخشی از کره ماه را خراب می کند، به مدرسه ای می آید و تظاهر می کند که معلم است، اما مقامات متوجه می شوند او می خواهد پس از پایان سال تحصیلی، زمین را نیز نابود کند. بنابراین به ناگیسا و دیگر همکلاسی هایش دستور داده می شود تا او را بکُشند...
یک پلیس به دنبال سرنگون کردن گروهی تبهکار هست و همین مسئله باعث بوجود آمدن درگیری بین...
وقتی که «لایت یاگامی» یادداشت مرگ را پیدا می کند، کتابچه ای که قدرت کشتن را به او می دهد. او تصمیم می گیرد که با کشتن تمام خلافکاران یک مدینه فاضله ایجاد کند. از این رو بزرگترین کارآگاه جهان بنام «ال» برای پیدا کردن او برگزیده می شود...
یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
پس از ظهور یک گودزیلای جدید، دولت ژاپن با استفاده از استخوان بندی گودزیلای اصلی یک گودزیلای رباتیک می سازد تا...