سقوط شهاب سنگی سمی به نیمه شمالی کشور ژاپن، باعث میشود مردم آنجا به خون آشام هایی تشنه تبدیل شوند. در این بین یک دختر جوان بهمراه گروهی از متحدان قصد دارند سراسر ژاپن را به دنبال مادرش بگردند...
در توکیوی آینده، دختری سامورایی به نام "روکا" تلاش می کند انتقام قتل پدرش را بگیرد. او یک پلیس و عضو گروهی ویژه است که مامورت دارند جنایتکاران جهش یافته را نابود سازند...
وقتی که «لایت یاگامی» یادداشت مرگ را پیدا می کند، کتابچه ای که قدرت کشتن را به او می دهد. او تصمیم می گیرد که با کشتن تمام خلافکاران یک مدینه فاضله ایجاد کند. از این رو بزرگترین کارآگاه جهان بنام «ال» برای پیدا کردن او برگزیده می شود...
یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
این بار گودزیلا با موجودی بیگانه و اسرارآمیز که تبدیل به هیولایی به نام "اورگا" می شود مبارزه می کند. آنها برای مبارزه نهایی در شهر شینجوکو به هم می رسند...