داستان در آینده‌های تاریک بعد از نابودی قسمت عمده نسل بشر به واسطه یک فاجعه اتمی آغاز میشود. انسانها به دلیل تغییرات بیولوژیکی حاصل از بمبهای اتمی در شهرهایی زندگی میکنند که توسط حبابهایی برای محافظت احاطه شده است. در این جامعه منظم، انسانها در کنار یکدیگر زندگی میکنند و البته روباتهایی با نام AutoReivs به انسانها جهت رفاه بیشتر کمک میکنند. اما اوضاع همیشه آرام نیست و یکسری از روباتهایی که توسط ویروسی با نام Cogito آلوده شدند شروع به قتلهایی در این محیط آرام و حساس میکنند. در اینجاست خانم کاراگاهی با نام Re-l Mayer به همراه روبات دستیارش با نام ایگی شروع به تحقیقات در مورد پیدا کردن منشا این قتلها میکنند. داستان با اضافه شدن وینسنت مهاجری از شهر مسکو که او هم الان زیر حبابی قرار دارد و بار گذشته ای محنت بار را به دوش میکشد پیچیده تر میشود، از طرف دیگر بزرگان شهر بر روی طراحی یک شبه انسان با نام Proxy کار میکنند که به نظر آنها راه نجات نسل بشر از مشکلات پیش رو است...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضايي‌ها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآورده‌اند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از سامورايي‌هاي شکست‌خورده را با تصميم سختي رو‌به‌رو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آينده‌شان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق ميکند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، مي‌پذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازه‌ي کافي باشد. اما ...
Diclonius ها موجودات شبه انسانی هستند که گفته می شود از جانب خدا برای نابودی انسان انتخاب شده اند. آنها با انسان ها دو فرق اساسي دارند: شاخهايی که روي سرشان دارند و قدرت جابه جايی اجسام از راه دور که به خاطر اين قدرت خطرناکشون توسط دولت دستگير و در آزماشگاههايی ويژه نگهداری مي شوند . يکي از اين موجودات به نام لوسي (که به شدت خطرناک است) گاردهای محافظ آزمايشگاه را به طرز فجيعی به قتل ميرساند و فرار ميکند ولی موقع فرار يک گلوله به سرش اصابت ميکند. او نمی ميرد ولی در آب ميافتد و حافظه خود را از دست ميدهد. در ساحل پسر و دختری به نامهای کوتا و يوکا او را در حالی که لباسی برتن ندارد و تنها قادر به گفتن يک کلمه است مي يابند.« نيو» تنها کلمه ای است که لوسی قادر به گفتن آن است به همين علت کوتا و يوکا او را نيو مينامند و با خود به خانه می برند. ولي لوسی هنوز روح شيطانی خود را از دست نداده...
تاکاشی کامیاما دانش آموز دبیرستانی عادیه - باادب، گوشه گیر و آروم با IQ یکم بیشتر از میانگین. ولی همچین دانش آموزی به مدرسه ی بدنام کرومارتی میره که به عنوان زمین سخت ترین مجرم ها شناخته میشه؟ ظاهرا تاکاشی همین کار رو میکنه، ولی دلیلی داره که ترجیح میده به کسی نگه. با این حال یچیزی قطعیه و اونم اینه که خرگوشی که وسط یه مشت شیر گرسنه افتاده باشه هیچوقت نمیتونه یه روز آروم دیگه رو بگذرونه.
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...