چند بیگانه‌ی فضایی با طرح نقشه‌ای می‌کوشند تا کره زمین را تسخیر کنند. آن‌ها دو هیولا با نام های "شاه گیدورا" و "گیگان" را به کار می‌گیرند که از یک مرکز مخفی روی زمین کنترل می‌شوند. حال نوبت آن رسیده تا گودزیلا با کمک دوستش "آنزیلا" برای مقابله با آن ها وارد نبردی خطرناک شود...
در پی آلودگی سطح زمین هیولایی جدید به وجود می‌آید به نام "هدورا" ! این جانور غول پیکر توانایی تشکیل مه های سمی و بزرگ را دارد، و با همین قابلیت قصد تخریب ژاپن و نابودی گودزیلا را دارد...
نیروهای بیگانه کنترل هیولاهای زمین را بدست گرفته و تلاش می کنند نژاد بشر را نابود کنند...
یک مرد جوان برای پیدا کردن برادرش یک قایق می دزدد. اما در میانه راه قایق وازگون می شود و او سر از یک جزیره اسرار آمیز در می آورد که ساکنین آن هیولای دریایی غول پیکر و گودزیلا می باشند...
تاجری حریص ماشینهای غول پیکری برای خالی کردن بخشی از اقیانوس برای ساخت آپارتمانهای لوکس مستقر می کند. پس از یک طوفان، تخمی عظیم الجثه به ساحل آمده و به سرعت در معرض دید عموم قرار می گیرد. اما وقتی تاجر گودزیلا را بیدار می کند، هیولا بار دیگر به توکیو حمله می کند...