در زمین دیگر، یک زن جوان روشنفکر با آرزوی کاوش در کهکشان ها در برنامه فیزیک نجومی دانشگاه ام.آی.تی پذیرفته می شود. یک نویسنده به نام جان بوروز به تازگی به اوج حرفه کاری خود رسیده است و فرزند دومش در شرف به دنیا آمدن است. در شب کشف نسخه دومی از زمین، تراژدی کلید می خورد و زندگی این غریبه ها به طور برگشت ناپذیری در هم می پیچد…
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
تیمی متشکل از افراد حرفه ای و متخصص مسئول تحقیق و بررسی پرونده های جنایی می شوند که در این میان با حوداث و اتفاقات هیجانی و خطرناک مواجه می شوند...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
