صهیون، شهر انسانها در مقابل حملات بی امان ماشینها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
"زینا" یک جنگجو توانا و شفا دهنده است که به همراه "گابریل" مقابل یک گروه از قانون شکنها که تمام یونان از آهنها وحشت دارند می ایستد و طی داستان در حال سفر به روستاها به دنبال ماجراجویی و مبارزه با نیروهای شرور می گردد تا انتقام خانواده خود و مردم را از آنها بگیرد ولی ...