دکتر «هنری ایندیانا جونز» باستان شناس معروف، پس از سال ها، برای برملا کردن رازی که در پس یک شی باستانی معروف به جمجمه بلورین است، دوباره وارد عمل می شود.
ریاضی دان معروف، «جان فوریس نش جونیر» (کرو) با «آلیشیا» (کانلی) ازدواج کرده است و زندگی خوشی دارد. تا این که «ویلیام پارچر» (هریس) مأمور سیا به سراغش می رود و می خواهد در زمینه ی فعالیت های رمز شکنی به کارش بگیرد، و از آن به بعد است که زندگی‌اش تبدیل به یک کابوس می شود.
«گيل رنارد» (دنيرو) فروشنده اي است که در زندگي شخصي و حرفه اي اش شکست خورده. او کشته مرده بيس بال است و تمام وقتش را صرف دنبال کردن بازيکن مورد علاقه اش، «بابي ريبرن» (اسنايپس) مي کند. «بابي» فصل ورزشي بدي را آغاز مي کند و تمام افتخارات به بازيکن ديگري به نام «پريمو» (دل تورو) که در همان تيم بازي مي کند، نسبت داده مي شود. «گيل» نيز براي درست کردن اوضاع، «پريمو» را مي کشد.
