"یوزورو اوتوناشی" پس از مرگش، در مدرسه به هوش می آید. گروهی از نوجوانان شورشی به رهبری "یوری ناکامورا"، مبارزه ای مسلحانه در مقابل دشمنی با قدرت ماورا الطبیعه که به آن "فرشته" می گویند را آغاز کرده اند...
در مدرسه سلاحهای پیشرفته "شینیگامی"، انسانها به عنوان استاد درس می خوانند. هر استاد همکار مخصوص به خود را دارد که می تواند به شکل یک اسلحه در بیاید. داستان درباره سه نفر از این اساتید به همراه سلاحهایشان است...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
در ۳۰۰ سال اینده ، بشریت توسط جنگل های ذی شعوری که خود بیدار کرده است، مورد حمله قرار گرفته است. پسر جوانی به نام آگیتو در داخل یک پناهگاه ممنوعه، ماشینی را پیدا می کند که ممکن است کلید نجات بشریت باشد...
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...
پسری به نام اینویاشا که نیم انسان است و نیم شیطان، دنبال سنگ مقدسی است و در جریان پیدا کردن این سنگ عاشق دختری به نام کیکیو می شود و می فهمد که سنگ مقدس دست کیکیو می باشد و به او می گوید که من با قدرت این سنگ مقدس به انسان تبدیل میشوم و با هم زندگی می کنیم ولی بعد از مدتی کیکیو می فهمد که او می خواسته با قدرت سنگ مقدس به یک شیطان واقعی تبدیل شود و موقع دزدیدن سنگ مقدس با یک تیر مهر و موم شده او را به درختی آویزان می کند و...
وقتی که ایچیمارو تتسونوسکه به خاطر دیدن حادثه قتل پدر و مادرش آسیب میبینه، حس انتقام جوییش باعث میشه که قدرت بخواد. در ۱۵ سالگی، تتنسونوسکه برای یکی از اعضای شینگومی شدن قبول میشه. با این حال، مهارت، هوش و احساساتی که جلوی تهدید جامعه و شینسگومی رو بگیره نداره. حتی با پشتیبانی برادرش تاتسونوسکه و دوست جدیدش در شینسگومی، میفهمه که برای عضو یک گروه تاریخی بودن با درد و خون مواجه میشه.