داستان این فیلم درباره هیپاتیا بانوی ستاره‌شناس و فیلسوف در اسکندریه در دوران حکومت روم بر این سرزمین در قرن چهارم میلادی و رابطه او با دو رقیب عشقی، یکی برده‌اش داووس و دیگری اشراف‌زاده‌ای به‌نام اریستس است. داووس از سویی عاشق بانوی خود شده و از سویی دیگر می‌تواند با پیوستن به طغیان مسیحیان به آزادی برسد. در کنار داستان رمانتیک فیلم، داستان تاریخی نیز روایت می‌شود. داستان قدرت‌گیری مسیحیان و تسلط تعصب و جهل مذهبی بر خردورزی و دانش، که تصویری نمادین از کشمش‌های ایدئولوژیک دوران معاصر را تداعی می‌کند...
داستان یک مامور سیا به نام راجر فریس است که برای پیدا کردن یکی از سران تروریست القاعده به نام سلیمان به اردن می رود. در این بین او با پرستاری عرب به نام عایشه آشنا می شود. فیلم مضمونی ضد تروریستی دارد و در عین حال از سیاست های مداخله جویانه امریکا نیز انتقاد می کند. اما به دلیل حضور گلشیفته فراهانی در آن برای تمام ایرانیها فیلم جالب و دیدنی محسوب می شود.
این فیلم داستان واقعی قتل عام تعدادی ورزشکار اسراِئیلی به دست چند فلسطینی افراطی در المپیک سال ۱۹۷۲ مونیخ است و متعاقب آن ماموریت سری یک اسرائیلی که در آن افرادی از افراد شناخته شده فلسطین و کسانی که وی تصور می‌کند مسئول این قتلها بوده اند را پیدا کرده و از آنها انتقام بگیرد و یک جوان یهودی به همراه تیمی شروع به انجام این عملیات می‌کند و در راه انجام این عملیات با نکاتی آشنا می‌شود و برخورد می‌کند که برایش غیرقابل تصور بوده و کمی وی را نسبت به اسرائیل نیز بدبین می‌کند...
داستان فیلم متمرکز است بر زندگی مریم و یوسف و زمانی که آنها برای تولد عیسی مسیح به بیت لحم مهاجرت کردند...
یک جسد به صلیب کشیده شده که متعلق با قرن ۱ میلادی می باشد را در غاری باستانی واقع در اورشلیم کشف می کنند و سراسر دنیا مشغول تحقیق بر روی این جسد می شوند...
