داستان در مورد چیسه هاتوری میباشد که یک عمر زندگی را به غفلت و بدرفتاری و بدون عشق گذرانده است. به دور از گرمای وجود خانواده، او سهم خود از سختی ها و بحران ها را به دوش کشیده است. درست زمانی که به نظر امیدی باقی نمانده، رویارویی سرنوشت‌سازی منتظر اوست. زمانی که مردی با سر جانور به همراه قدرتهای عجیب، او را در حراج برده خریداری میکند. زندگی چیسه دیگر مانند قبل نخواهد بود.
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
مدرسه خصوصی هاچیمیتسو یک مدرسه دخترانه و معتبر شبانه روزی در خارج از شهر توکیو است اما با آغاز سال تحصیلی جدید در سیاست های مدرسه تجدید نظر می شود و به پسر ها اجازه ورود به مدرسه داده می شود. کیوشی فوجینو در اولین روزش در مدرسه هاچیمیتسو متوجه می شود که یکی از تنها ۵ پسری است که دراین مدرسه ثبت نام کرده اند. اما این مدرسه اون بهشتی که این ۵ پسر در فکر خود دارند نیست ...
نقطه آغاز داستان، جایی است که ناگهان به خاطر شیوع ویروسی مرموز، تمام انسان های بالای سیزده سال می میرند! حالا فرصت طلایی خون آشام هاست تا از ابهامات بیرون آمده و بر انسان های باقی مانده، یا همان بچه های زیر سیزده سال، حکومت کنند. چهارسال به همین منوال می گذرد تااینکه یوئیچیرو و میکائلا، با چند بچه دیگر، که قبل از این حوادث همگی باهم در یک یتیمخانه زندگی می کردند و خانواده هم محسوب می شدند، تصمیم به فرار از پیش خون آشام ها می گیرند اما…
فوریه ۱۹۹۹: موج جدیدی از قتل‌های وحشیانه چشم شیکی و دایسوکه را به خود جلب کرد، پسر عموی میکیا که در سال ۱۹۹۵ به تحقیق درباره قتل‌ها پرداخت. میکیا بیشتر و بیشتر نگران او می شود و تحقیقات خود را آغاز می کند که ...
در مدرسه سلاحهای پیشرفته "شینیگامی"، انسانها به عنوان استاد درس می خوانند. هر استاد همکار مخصوص به خود را دارد که می تواند به شکل یک اسلحه در بیاید. داستان درباره سه نفر از این اساتید به همراه سلاحهایشان است...
آگوست ۱۹۹۵: میکیا برای اولین بار با شیکی در یک کیمونوی سفید در یک روز برفی ملاقات می کند . بعداً، در مراسم سال اول دبیرستان، میکیا شیکی را در میان جمعیت می بیند و او را تعقیب می کند و خود را به او معرفی می کند. اما شیکی راز بزرگی را پنهان میکند: موجی از قتل‌های عجیب و غریب در اطراف بسیاری از نقاط شلوغ رخ می‌دهد، و هیچ مظنونی وجود ندارد...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...