تیم استورم (طوفان) در حین اسکورت دانشمندان توسط تیم گوست (روح) مورد حمله قرار گرفت. شش ماه بعد، گائو ژان و پنگ جیان رهبری تیم تایگر (ببر) را برای نجات دانشمندان بر عهده گرفتند.
این فیلم اکشن و غم‌انگیز داستان یک پسر جوان را به تصویر می‌کشد که در یک شهر کوچک داکوتای شمالی با یک فراری بسیار خطرناک دوست می‌شود و کم‌کم وارد مرحله‌ای جدید از زندگی‌اش می‌شود که برایش اتفاقات غیرقابل پیش‌بینی به همراه دارد و…
داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...
بعد از اتفاقات انتقام‌جویان: عصر اولتران دولت‌های جهان قانونی را وضع می‌کنند که طی آن فعالیت‌های تمامی ابرقهرمانان کنترل می‌شوند و آن‌ها بایستی برای دولت کار کنند. کاپیتان آمریکا و مرد آهنی که در مورد این قانون نظرات متفاوتی دارند، مقابل یکدیگر می‌ایستند...
