پنگوئن های ماداگاسکار مثل قبل ماموریتی را در پیش رو دارند و باید جلوی کسی را که قصد دارد دنیا را نابود کند، بگیرند...
این انیمیشن درباره ۴ حیوان به نام «آلکس (شیر)»،«مارتی (گورخر)»،«ملمن (زرافه)» و «گلوریا (اسب آبی)» است. این حیوانات در قسمت جدید هم در تلاش هستند تا به باغ وحش نیویورک برگردند و در راه برگشت در حالی که از اروپا می گذرند برای اینکه کمتر جلب توجه کنند، به یک سیرک سیار می پیوندند...
داستان این انیمیشن سریالی پیرامون وقایع روزانه و زندگی پنگوئن های ماداگاسکار می باشد که در باغ وحش مرکزی نیویورک به وقوع می پیوندد ...
حیوانات قصد دارند به باغ وحش نیو یورک بازگردند، اما با سقوط هواپیما در طبیعت وحشی آفریقا، آن‌ها با حیواناتی از نوع خودشان آشنا میشوند، و الکس والدینش را ملاقات میکند.
چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آن‌ها خود را در ماداگاسکار می یابند.
انیمیشن در مورد مورچه ای است که از روزمرگی زندگیش خسته شده و دیگر دوست ندارد یک کارگر جزئی باشد اما بر حسب اتفاق وارد نقشه یی می شود که کودتای نظامی های کلونی هست در این حین نیز عاشق دختر ملکه می شود و …