کاپیتان سوباسا داستان یک دانش اموز دوره ابتداییه که تمام افکار و ارزوهاش نشعت گرفته از عشق اون به فوتباله. سوباسا اوزارای ۱۱ ساله فوتبال بازی کردن رو از بچگی شروع کرده و درحالی که برای اکثر دانش اموزای همسن خودش فوتبال فقط یه ورزش تفریحیه، برای اون به دغدغه فکریه بزرگی تبدیل شده. سوباسا برای دنبال کردن ارزوهاش همراه مادرش به شهر نانکاتسو که به دلیل تیم های موفق مدارسش معروفه، نقل مکان می کنن. ولی اگرچه سوباسا توی تیم سابقش بهترین بود ولی در نانکاتسو رقبای زیادی وجود داره که باعث میشه سوباسا تمام توانایی ها و استعدادشو لازم داشته باشه تا بتونه خودشه از بقیه جدا کنه.
سال ۱۹۲۸ بعد از میلاد،نیویورک،آمریکا بعد از جنگ جهانی اقتصاد شکوفا شده و البته حضور چیزی تاریک تر و گناهکارانه تر خیلی بیشتر از گذشته احساس می شود،گناهکاران شیطانی.مجدلیه دستور تشکیل گروهی را می دهد تا این نیرو را نابود کنند دو تن از این گروه روزت کریستوفر و و دستیارس چورنو هستند. آنها هر دو عضو سازمانی این چنینی بوده اند هر چند هدف اصلی انان پیدا کردن برادر گمشده روزت،جوشو می باشد.