ماجرای فیلم ادامه قسمت اول (Night at the Museum ۲۰۰۶) است که حول و هوش اتفاقاتی است که در موزه اسمیتسونیان واشنگتن رخ میدهد .(بن استیلر) که بعد ازاتفاقات داستان اول از شهر خارج شده بعد از گذشت چند وقت به شهر بر میگرده و متوجه میشه که موزه قبلی تعطیل شده و تمام اشیاء عتیقه این موزه به موزه جدیدی در واشنگتن انتقال پیدا کرده . شخصیتهای جدید این قسمت ماجراهای جالب و خنده داری رو رقم میزنن که هر بیننده ای رو به خودش جلب میکنه …
اشیای پرنده ی ناشناخته باعث حیرت بسیاری در ایالت ایندیانا شده است؛ از جمله «روی نیری» (دریفوس) و «جیلیان گیلر) (دیلن) که با زحمت خود را به «قله شیطان» محل مخفی ملاقات با موجودات فضایی می رسانند ...
سگی بنام «بولت» که ستاره یک برنامه تلوزیونی اکشن - تخیلی است، فکر می کند قدرت‌های نمایشی‌ای که در این برنامه دارد، واقعی هستند. او کل کشور را زیر پا می گذارد تا صاحبش را که به خیال او جانش در خطر است، نجات دهد...
عتيقه فروشي چيني جانور کوچک و عجيبي به نام «موگ واي» را به پسر بچه ي نوجواني (گاليگان) مي فروشد، با اين شرط که دور از نور شديد و آب نگه دارند و هرگز پس از نيمه شب به آن غذا ندهند. «موگ واي» آرام و دوست داشتني است، تا اين که به طور تصادفي کمي آب رويش ريخته مي شود و پنج جانور مشابه - ولي کمي شيطان - از آن به وجود مي آيند...
پسر بچه ي دوازده ساله اي به نام «جاش باسکين» (ماسکو)، در يک کارناوال از ماشين آرزو مي خواهد که بزرگ شود. پس از شبي توفاني، «جاش» بيدار مي شود و خود را يک مرد سي و پنج ساله (هنکس) مي يابد...
«دانيل» (ماکيو) همراه با مادرش از نيو جرزي به کاليفرنياي جنوبي مهاجرت مي کند تا از خشونت و نا امني در امان باشد. اما در محل جديد، همکلاسي هايش به سر دستگي «جاني» (زابکا)، برايش مزاحت ايجاد مي کنند. «دانيل» نيز براي دفاع از خود نزد «مياگي» (نوريوکي) کاراته ياد مي گيرد...
یک سال از ماجرای فیلم قبلی می گذرد. این بار کوین در شهر نیو یورک گم شده است و دو دزدی که سال پیش به خانه او آمده بودند هم از زندان گریخته و فاصله چندانی با کوین ندارند...
در سال ۱۹۳۹، ارتش هیتلر در حال بستن مرزها بود و ۸۵ مبلغ آمریکایی در آلمان مشغول خدمت به کلیسای خود بودند. فرار این مبلغین از آلمان نازی یکی از دراماتیک‌ترین رویدادهای تاریخ مدرن کلیسا است.
یک خبرنگار جنگی نا امید که نمی تواند جنگی را که باید از آن گزارش تهیه می کرده را پیدا کند، تصمیم می گیرد که از راهی خطرناک وارد بشود...