
دو سال پس از آخرين جنگ با سفيرات (Sephiroth) می گذشت. رافوس شينرا (ShinRa) سعي كرد دوباره شهر بزرگ را درست كند.اما در راه ساخت ،سه مرد در مقابل او ايستادند.اين سه مرد به دنبال مادرشان ميگشتند و سعي داشتند سفيرات را دوباره برگردانند.از اين رو كلود (Cloud) دوباره مجبور شد در مقابل كسي قرار بگيرد كه تهديد كرد دنيا را نابود خواهد ساخت.

در سال ۱۷۹۶ و در زمان اشغال کشور آلمان توسط ناپلئون، دو برادر کلاهبردار به اسامی «ويلهم گريم» و «جيکوب گريم» بين دهکده های مختلف سفر کرده و به هر دهکده که می رسند نمايشهای جادوئی به راه می اندازند. آنها ادعا می کنند که با عالم ارواح ارتباط دارند و با ترساندن مردم روستائی کسب درآمد می کنند...

در آینده ای دور یک گروه قدرتمند به اسم «اتحادیه» بر کهکشان حکومت می کنند. این گروه که بصورت استبدادی بر تمام سیارات تسلط دارد همواره در تلاش هستند تا مخالفان و شورشیان را سرکوب کنند. یک گروه از این شورشیان به فرماندهی کاپیتان «مالکوم» سوار بر یک سفینه قدیمی با نام «سرنیتی» سعی دارند تا از دست نیروهای اتحادیه بگریزند. در همین زمان دختری به اسم «ریور» که قادر به خواندن ذهن افراد است موفق می شود ذهن گروهی از سیاستمداران اتحادیه را خوانده و پی به اسرارشان ببرد. به همین خاطر او به کمک برادرش «سایمن» از دست نیروهای اتحادیه و به خصوص مامور بی رحمی به اسم «آپریتیو» گریخته و در ادامه آنها به سفینه سرنیتی پناهنده می شوند.