داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...
داستان درباره ۴ لاک پشت نینجا به نام های لئوناردو، رافائل، میشل آنجلو و دوناتلو می‌باشد که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام "شریدر" ایستادگی نمایند و...
سریال انیمیشنی فوق العاده زیبا و خاطره انگیز لاک پشت های نینجا ، این انیمیشن که از سالیان سال پیش طرفداران زیادی داشته و سبک جالب آن مورد پسند همگان قرار گرفته است. انیمیشن محبوب Teenage Mutant Ninja Turtles با قسمت های جدید به صورت هفتگی منتشر می شود و نسبت به سری پیشین خود جالب تر شده است...
سرقت یک دیسک فلاپی حاوی اطلاعات درباره یک گنج، باعث آغاز یک رقابت خطرناک بین تبهکاران و ماموران برای یافتن آن می‌شود.
در این قسمت انتقام جوی سمی باید از دوستانش در برابر همزاد شیطانی اش در دفاع کند...
پایگاه داده کامپیوتری سازمان توسط یک جنایتکار قدرتمند به نام جنگجو هک شده است. حالا با در دست داشتن لیستی از هویت تمام ماموران مخفی، او یکی یکی به سراغشان می‌رود.
نيويورک. «شردر» (سايتو)، استاد ياغي نينجا، بچه هاي ناراضي شهر را جمع کرده و با تشکيل گروهي به نام «فوت» مردم را غارت و تهديد مي کند. تا اين که موجودات مرموزي زن خبرنگاري به نام «اونيل» (هوگ) را که از مخالفان فعال اين جنايت هاست، از دست اوباش نجات مي دهند. اين موجودات، لاک پشت هاي نينجاي دگرگون شده ي نوجوان هستند...