داستان این انیمیشن در سال‌ها پیش جریان دارد. جایی که قهرمانی به یک دهکده وارد شده و همراه با خود، بدختی و سختی را نیز برای ساکنین آن به ارمغان می‌آورد. او همراه با خود، یک گنجینه را آورده بود که قدرت زیادی را به‌همراه داشت، اما دروغ‌هایی که از جانب همراهیانش به وی گفته شده بود، کم کم مشکلاتی را برای وی در این دهکده ایجاد کرد. نیروهای بیگانه از فضا به زمین آمده‌اند و قرار است که همراهشان تاریکی را به همراه داشته باشند. تنها این قهرمان و همراهانش هستند که می‌توانند در برابر آنها ایستادگی کنند.
هنگامی که کودکی یتیم به نام کیوتا که در خیابان های شیبویا سرگردان هست تصادفا وارد یک جهان خارق العاده از موجودات عجیب و غریب می شود ، در آنجا توسط موجودی خشن و جنگجو که به دنبال یک شاگرد بی نقص می گردد ، انتخاب می شود. اما…
rock کارمند ساده مرکز بزرگ تجاری در ژاپن است . تفریحات او به سیگار کشیدن و صد البته تیپا خوردن از روسایش خلاصه می شود. بر حسب اتفاق ، او توسط یک گروه دزد دریایی به گروگان گرفته می شود و این آغاز زندگی جدید اوست. پس از آزادی وی ترجیح میدهد که به زندگی با این افراد ادامه دهد . این گروه به اسم Black Lagoon معروف بوده و از افراد زیر تشکیل شده است :- Revy ملقب به تیر اندازبا هر دو دست دختری با اصلیت چینی _ ژاپنی ، قصی القلب و البته ماهر در تیراندازی- Dutch آمریکایی سیاه پوست دورگه که رهبر گروه بوده و هماهنگی بین افراد و گرفتن ماموریتها بر عهده اوست. Benny : دانشجوی فلوریدایی که استاد در زمینه مخابرات و کامپیوتر بوده و وظیفه ارتباطات گروه رو بر عهده دارد. بعد از پیوستن راک به این گروه ، انیمه به روابط بین افراد گروه و ماموریتهای آنها می پردازد.
R. Kenzo Tenma دکتر ژاپنی جوانی است که به عنوان جراح مغز در بیمارستانی که توسط Heinemann اداره میشود مشغول به کار میشود و مدارج ترقی را یکی پس از دیگری طی میکند و به موفقیت و اعتبار بسیار بالایی دست میابد و با Eva دختر Heinemann نامزد میشه اما او مخالف سیاست های درمانی ای است که بیمارستان در قبال بیماران مختلف اتخاذ میکند و...
مسافران زمان سعی می‌کنند تا با استفاده از گودزیلا ژاپن را با خاک یکسان کنند تا بتوانند از آینده‌ی سیاه اقتصادی که قرار است برای این کشور به وجود آید، جلوگیری کنند اما...
ماجرای این فیلم درباره‌ی گروهی از تبهکاران آمریکایی است که می خواهند به سلول‌های گودزیلا دست یابند. آن ها موفق می شوند سلول را از یک دانشمند ژاپنی بدزدند، اما ناخواسته باعث کشته شدن دختری وی نیز می شوند. دانشمند برای گرفتن انتقام سلول های گودزیلا و یک گیاه را با هم ترکیب کرده و هیولایی به نام "بیولانته" را خلق می کند...
یک شهر زیردریایی موجودی غظیم الجثه را برای نابودی جهان بالای خود اعزام می کند. گودزیلا و یک ربات عجیب مامور می شوند در مقابل این موجود از انسانها دفاع کنند...