۱۴ سال از پایان فیلم قبلی گذشته است، بیشتر جمعیت جهان تبدیل شده اند. «میساتو» گروهی جدا از «نرو» تشکیل داده است...
"ایسی هیودو" یک پسر نوجوان دبیرستانی با خصوصیات معمول هم سن و سالانش است که در روابط اجتماعی موفق نیست و همیشه تنها می‌ماند. او در اولین قرارش توسط دختری کشته می شود و ...
هانتر (شکارچی) فردی است که دور دنیا سفر میکند و هر جور ماموریت خطرناکی را انجام میدهد. از دستگیر کردن مجرم ها گرفته تا کنجکاوی و جستجوی سرزمین های ناشناخته به دنبال گنج. "گون" پسر جوانی است که پدرش چندین سال پیش، وقتی که یه هانتر بوده، ناپدید شده. "گون" باور دارد که اگر بتواند پا جای پای پدرش بگذارد، ممکن است روزی بتواند دوباره به او بپیوندد. بعد از اینکه "گون" ۱۲ ساله میشود، خانه را ترک میکند و ماموریت شرکت در آزمون " هانتری " را امتحان میکند. آزمونی که بخاطر پیشرفت کندی که آزمون دهنده دارد و درصد بالای مرگش برای هانتر رسمی شدن حسابی معروف شده است. "گون" با "کوراپیکا" که به عشق انتقام زندست، "لوریو" که میخواهد در آینده دکتر شود و با "کیلوآ" که قبلا یک قاتل سرکش بوده دوست میشود و...
یک دزد ماهر به نام Gasback در حال انجام آخرین دزدی زندگی خود می باشد و نقشه دارد که پس از جعل کردن صحنه مرگ خود زندگی جدیدی را با هویتی جدید آغاز کند، اما...
زیر حملات دائمی فرشتگان،نرو دو خلبان جدید را معرفی می کند،ماکینامی اسرارآمیز و آسوکا قدرتمند.در همین حین گندو ایکاری و سیل پروژه ای مخفی را پیش می برند و...
دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
شیئی باارزش به نام مهر پادشاه در حین انتقال به جامعه ارواح به وسیله گروهی مرموز دزدیده شده. توشیرو هیتسوگایا، کاپیتان بخش دهم، که برای انتقال مهر انتخاب شده، با رهبر دزدان مبارزه می کند و کمی بعد ناپدید می شود. پس از این اتفاق جامعه ارواح تشخیص می دهد که هیتسوگایا توشیرو خائن است و باید دستگیر و اعدام شود. کوروساکی ایچیگو این تصمیم را نمی پذیرد و به همراه ماتسوموتو رانگیکو، کوچیکی روکیا و آبارای رنجی تصمیم می‌گیرند تا مغز متفکر دزد مهر را برملا کرده و هیتسوگایا را پیدا کنند تا آزاد شود. در همین هنگام، یک شیاد به دنبال مجرمان می‌گردد و به رازی تاریک که مرتبط با یک شینیگامی مرده می باشد، پی می برد.
آینده کره زمین توسط موجوداتی هیولا شکل که به «فرشته» معروف هستند، تهدید می شود. یک سازمان امنیتی بنام NERV برای مقابله با این تهدید گروهی از خلبانان جوان را به کار گرفته است...
در شهر کاراکورا یک نوع خاص از ارواح بنام شاهد مثل یک بیماری کل شهر را در بر گرفته اند. این در حالی است که از طریق آسمان، دنیای ارواح به دنیای واقعی هم سرایت کرده است. در این بین زن مرموزی به نام سنا به همراه مردی به نام گانرو رهبری یک تیم مخوف را بر عهده گرفته اند تا بلکه بتوانند جلوی فاجعه را بگیرند...