ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
شیئی باارزش به نام مهر پادشاه در حین انتقال به جامعه ارواح به وسیله گروهی مرموز دزدیده شده. توشیرو هیتسوگایا، کاپیتان بخش دهم، که برای انتقال مهر انتخاب شده، با رهبر دزدان مبارزه می کند و کمی بعد ناپدید می شود. پس از این اتفاق جامعه ارواح تشخیص می دهد که هیتسوگایا توشیرو خائن است و باید دستگیر و اعدام شود. کوروساکی ایچیگو این تصمیم را نمی پذیرد و به همراه ماتسوموتو رانگیکو، کوچیکی روکیا و آبارای رنجی تصمیم می‌گیرند تا مغز متفکر دزد مهر را برملا کرده و هیتسوگایا را پیدا کنند تا آزاد شود. در همین هنگام، یک شیاد به دنبال مجرمان می‌گردد و به رازی تاریک که مرتبط با یک شینیگامی مرده می باشد، پی می برد.
در شهر کاراکورا یک نوع خاص از ارواح بنام شاهد مثل یک بیماری کل شهر را در بر گرفته اند. این در حالی است که از طریق آسمان، دنیای ارواح به دنیای واقعی هم سرایت کرده است. در این بین زن مرموزی به نام سنا به همراه مردی به نام گانرو رهبری یک تیم مخوف را بر عهده گرفته اند تا بلکه بتوانند جلوی فاجعه را بگیرند...