پس از اینکه ۳ خلبان کمپانی Rostock بوسیله خلبان های کمپانی j۲ کشته می شوند شخصی به نام یوچی مامور می شود تا در منطقه ۲۶۲ به بررسی موضوع بپردازد. پس از ملاقات با مسئول تعمیر و نگهداری هواپیماها آنها متوجه می شوند که شخصی هواپیماهای آن ها را دستکاری کرده است. در ادامه گروهی از خلبانان جوان مامور مبارزه با گروه خرابکار می شوند...
ژاپن، سال ۲۰۷۷. یک مامور مونث با نام "وکسیل" به توکیو اعزام می شود تا درباره گسترش تکنولوژی رباتیک توسط ژاپنیها که به وسیله سازمان ملل ممنوع اعلام شده تحقیق کند...
وقتی ماتسوکو بر اثر قتل می میرد، برادرزاده اش شو به تدریج جزئیات زیادی از گذشته مرموز خود را فاش می کند و متوجه می شود که او نه تنها یک رانده فراموش شده بود، بلکه زندگی بسیار جالب و در عین حال عجیبی داشت...
در ۵۰ امین سالگرد گودزیلا، او به سفری دور دنیا می رود تا دشمنان قدیمی اش را جمع کند و به جنگ با دشمنی به نام "هیولای ناشناخته" بروند...
این بار گودزیلا به قصد ایجاد رعب و وحشت به ژاپن باز می‌گردد. اما غافل از اینکه ژاپنی ها برای دفاع از خود دو سلاح طراحی کرده اند. یکی جانوری که متشکل از دو نیمه شیر و وال می باشد و دیگری یک کشتی با تکنولوژی بالا می باشد...