این مجموعه انیمه، اولین اقتباس هایی از ۲۰ داستان از مانگاهای ایتو است. که شامل تامی، سویچی، کیبیتسوری کیکیو (بالن حلق آویز) میشود.
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
در یک خیابان خاطره انگیز در روستای Shikou دختری به نام Ritsuka Tachibana به عنوان یک دانش آموز سال اولی به دبیرستان Shikou می رود. او روزهای آرامی را در کنار مادر خود ماریا می گذراند تا این که همه چیز سقوط می کند...او کیست؟ انسان؟ دیو؟ این داستان دختری است که افسون زیبایی شیاطین گشته است...
در مرز این جهان و جهان دیگر ۸ میلیون روح مرده وجود دارن که به خدایان و دیگر روح ها خدمت می کنن که سعی در کمک کردن در زندگی انسان ها دارن. یک دختر مدرسه ای به نام هیوری ایکی , زورگویی های همکلاسی هاشو تحمل می کنه و برای اینکه گریه کنه به دستشویی میره. روی دیوار دستشویی با خطی بد شماره تلفن و پیامی نوشته شده , “من مشکلات شما رو حل میکنم” بعد از اینکه هیوری با شماره تماس می گیره , با یک شخصیت بی خانمان و بیکاری روبه رو میشه که ادعا داره “خداست” خنگ و غیر قابل پیش بینی و بی ارزش, اون به دعا های مردم جواب نمیده و کسی هم بهش محل نمیذاره. اما اون…
پسری جوان که تنها ۱۵ سال سن دارد به ۱۲۰۰ سال پیش باز می گردد. جایی که به دنبال پیدا کردن تقدیر ناشناخته ی خود در زمان جنگ انسان ها و شیاطین دیده می شود و …
در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.
در آینده ای دور و در دهکده ای کوچک، سایمون و کامینای کنجکاو که از محدودیت های اعمال شده بر دهکده توسط بزرگان آنجا خسته شده اند دستگاهی فانتزی را پیدا میکنند که متعلق به دنیای آسمانهاست، اما در همین حین صلح و امنیت حاکم بر دهکده توسط یک نفوذ خشونت آمیز از هم می پاشد و...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
در شهر کاراکورا یک نوع خاص از ارواح بنام شاهد مثل یک بیماری کل شهر را در بر گرفته اند. این در حالی است که از طریق آسمان، دنیای ارواح به دنیای واقعی هم سرایت کرده است. در این بین زن مرموزی به نام سنا به همراه مردی به نام گانرو رهبری یک تیم مخوف را بر عهده گرفته اند تا بلکه بتوانند جلوی فاجعه را بگیرند...