پس از جنگ ، دختر جوانی که از آن به عنوان ابزاری برای جنگ استفاده می شد ، یاد می گیرد که چگونه درست زندگی کند. با زخم های سوختگی ، او به گذشته خود باز می گردد تا احساسات واقعی خود را نسبت به سرگرد کشف کند ...
داستان بلافاصله بعد از ماجرا های Grisaia no Meikyuu اتفاق می افتد که کازامی یوجی مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی شده که توسط هیثاسلو رهبری می شود و این سازمان توانسته با سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناکی وارد مرز های ژاپن بشود. در همین حین در آکادمی میهاما باقی دانش آموزان بخاطر مشکلات اقتصادی پیش آمده برای مدرسشان ، وقت زیادی تا تعطیل شدن مدرسه ندارند. طی یک سال گذشته به لطف دخالت های یوجی ، دختر های میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند ، اما آنها سر خود را پایین خواهند انداخت و بدون توجه به اطرافشان اجازه می دهند دنیا تغییر کند؟ درهمین حال که پایان کارشان در آکادمی میهاما نزدیک می شود، آمانه ، ماکینا ،ساچی ، یومیکو و میچیر و همگی به یک نتیجه می رسند.
آکادمی میهاما یک مدرسه شبیه به زندان است. خانه ای برای پنج دانش آموز دختر که هر کدام دلایل خود را دارند. یک روز، یوجی اولین دانش آموز پسر مؤسسه وارد میشود و ریتم منظم میهاما را بهم می ریزد.
"مادوکا" دختر بسیار مهربانی می باشد که مدتی است شب ها کابوس های بسیار وحشتناکی می بیند که در آن دختری با موهای سیاه در حال مبارزه با هیولا های ترسناک است. به همین دلیل او آرام و قرار ندارد تا زماتی که یک روز دختری با همان مشخصات، به مدرسه ی "مادوکا" می آید و او را نیز میشناسد. او به "مادوکا" پیشنهاد تبدیل شدن به یک دختر جادویی و مبارزه با جادوگران عجیب و غریب را میدهد...
هلسینگ، یک سازمان مخفی بریتانیا است که برای حفظ جان مردم از تهدیدات موجودات تاریکی مافوق طبیعی است. رهبر فعلی، "ایتیجرا وینگاتس هلسینگ" است که کنترل ارتش شخصی برای نابودی ارواح را دارد، اما با وجود سربازهای آموزش دیده اش در مقابل با اعتماد ترین نابودگر خون آشامش، مردی به نام الاد که خود یک خون آشام قدرتمند است. به همراه خدمتکار اسرار آمیزه اینتگرا و برده ی خون آشام آلو کارد، سراس ویکتوریا، سازمان نه تنها باید با غول ها و خون آشامهای همیشگی رو در رو شود بلکه با سازمانی مخفی از طرف واتیکان و میلینیوم (دوره هزار ساله) و در آخر با گروهی از انسان های دیوانه و مرموز که در جنگ ۵۰ سال پیش بوجود امده اند نیز باید مقابله کند...
پسری به نام اینویاشا که نیم انسان است و نیم شیطان، دنبال سنگ مقدسی است و در جریان پیدا کردن این سنگ عاشق دختری به نام کیکیو می شود و می فهمد که سنگ مقدس دست کیکیو می باشد و به او می گوید که من با قدرت این سنگ مقدس به انسان تبدیل میشوم و با هم زندگی می کنیم ولی بعد از مدتی کیکیو می فهمد که او می خواسته با قدرت سنگ مقدس به یک شیطان واقعی تبدیل شود و موقع دزدیدن سنگ مقدس با یک تیر مهر و موم شده او را به درختی آویزان می کند و...