داستان بلافاصله بعد از ماجرا های Grisaia no Meikyuu اتفاق می افتد که کازامی یوجی مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی شده که توسط هیثاسلو رهبری می شود و این سازمان توانسته با سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناکی وارد مرز های ژاپن بشود. در همین حین در آکادمی میهاما باقی دانش آموزان بخاطر مشکلات اقتصادی پیش آمده برای مدرسشان ، وقت زیادی تا تعطیل شدن مدرسه ندارند. طی یک سال گذشته به لطف دخالت های یوجی ، دختر های میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند ، اما آنها سر خود را پایین خواهند انداخت و بدون توجه به اطرافشان اجازه می دهند دنیا تغییر کند؟ درهمین حال که پایان کارشان در آکادمی میهاما نزدیک می شود، آمانه ، ماکینا ،ساچی ، یومیکو و میچیر و همگی به یک نتیجه می رسند.
آکادمی میهاما یک مدرسه شبیه به زندان است. خانه ای برای پنج دانش آموز دختر که هر کدام دلایل خود را دارند. یک روز، یوجی اولین دانش آموز پسر مؤسسه وارد میشود و ریتم منظم میهاما را بهم می ریزد.
پسری به نام اینویاشا که نیم انسان است و نیم شیطان، دنبال سنگ مقدسی است و در جریان پیدا کردن این سنگ عاشق دختری به نام کیکیو می شود و می فهمد که سنگ مقدس دست کیکیو می باشد و به او می گوید که من با قدرت این سنگ مقدس به انسان تبدیل میشوم و با هم زندگی می کنیم ولی بعد از مدتی کیکیو می فهمد که او می خواسته با قدرت سنگ مقدس به یک شیطان واقعی تبدیل شود و موقع دزدیدن سنگ مقدس با یک تیر مهر و موم شده او را به درختی آویزان می کند و...