در سده‌ی پانزدهم میلادی، شعله‌های کم‌فروغ اکتشافات عصر رنسانس، به تازگی در پهنه‌ی اروپا زبانه می‌کشند. با این وجود، در همین دوران، آنانی که گام در وادی نوآوری و کشف می‌نهند، به جرم بدعت‌گذاری و کفر، به کام آتش سپرده می‌شوند. در سرزمین لهستان، کودکی اعجوبه به نام رافال، امید می‌رود تا در آینده‌ای نزدیک، به یکی از نوابغ علم الهیات بدل گردد. اما سرنوشت، مسیر دیگری برای او رقم می‌زند؛ دیدار با مردی مرموز، رافال را به راهی رهنمون می‌سازد که فرجام آن، دستیابی به حقیقتی بدعت‌آمیز و ارتدادی است.
داستان در اواسط دوره موروماچی، دهه ۱۴۷۰ بعد از جنگ اونین و بونمی شروع میشه. داستان در نوتو پنینسولای خیابان هوکوریکو شروع میشه. شخصیت اصلی (هیاکیمارو) که ۴۸ بخش بدنش رو نداره یه بدن مصنوعی میگیره که ۴۸ هیولایی که بدنش رو گرفتن رو نابود کنه.
داستان انیمه حول محور دانش آموزی به نام "نیشیمیا شوکو" است که از اختلال شنوایی رنج می برد. او به یک مدرسه جدید منتقل می شود، جائی همکلاسی هایش مخصوصاً یکی از آنها به نام "ایشیدا" به او زورگویی میکنند. زمانی که "نیشیمیا" مجبور میشود دوباره به مدرسه دیگری برود، "ایشیدا" که خودش را مقصر این کار میداند دچار عذاب وجدان می شود و...
پادشاه رجیس که بر سرزمین "لوسی" فرمانروایی میکند به سربازانش دستور می دهد تا از این قلمروی پادشاهی در برابر امپراتوری نفلهیم محافظت کنند، زیرا آنها نقشه دارند کریستال مقدسی که به "لوسی" قدرت و جادو میدهد را بدزدند...
تو یه زندان تو ژاپن جوتارو کوجوی ۱۷ ساله زندگی می کنه: یه آدم وحشی، مبارز و خلافکار که یه نیروی غیر قابل کنترل تسخیرش کرده! سرتاسر دنیا نیروهای شیطانی در حال بیدار شدنن: “استند”ها، موجودات وحشتناک نامرئی که به حاملاشون قدرتهای بی نظیری می دن.جوجو برای نجات مادرش باید نیروی تاریک وجودش رو مهار کنه و به مصر سفر کنه تا خون آشام صد ساله ای که دنبال خون اعضا خونواده اشه رو شکست بده. ولی این راه رو به این آسونی نمی شه رفت؛ چون دشمنان زیادی قصد دارن در مقابلش ایستادگی کنن .