واکانا گوجو، یک عروسک‌ساز پر امید، از یک اتفاق در دوران کودکی با دوستش که مخالف عشق او به عروسک‌های سنتی بود، رنج می‌برد. او روزهایش را در تنهایی سپری می‌کند و در اتاق "هنرهای خانه داریِ" دبیرستانش آرامش خود را می‌یابد. از نظر واکانا آدم‌هایی مثل مارین کیتاگاوایِ زیبا، دختری شیک که همیشه توسط انبوهی از دوستانش احاطه شده است، عملاً یک بیگانه از دنیای دیگر است. اما وقتی مارین شاد و شنگول - که هیچوقت آدم خجالتی‌ای نیست - یک روز بعد از مدرسه واکانا را در حال خیاطی کردن می‌بیند، با این هدف که همکلاسی آرام خود را به سرگرمی مخفیانه‌اش - یعنی کازپلی! - علاقمند کند، وارد زندگی او میشود. آیا قلب زخمی واکانا از پس هجوم این بیگانه سکسی بر خواهد آمد؟!
این داستان درباره ی قدرت های فوق العاده ایه که در زمان بلوغ در درصد کمی از دختران و پسران خودش را نشون میده! Yuu Otosaka یکی از همون افراده که بدون این که بدونه چنین قدرتی داره زندگی نسبتا معمولی خودش را در مدرسه و در کنار دوستانش سپری می کنه تا این که دختری به نام Nao Tomori در برابرش قرار می گیره و قدرت Otosaka را بهش نشون میده و...
داستان بلافاصله بعد از ماجرا های Grisaia no Meikyuu اتفاق می افتد که کازامی یوجی مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی شده که توسط هیثاسلو رهبری می شود و این سازمان توانسته با سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناکی وارد مرز های ژاپن بشود. در همین حین در آکادمی میهاما باقی دانش آموزان بخاطر مشکلات اقتصادی پیش آمده برای مدرسشان ، وقت زیادی تا تعطیل شدن مدرسه ندارند. طی یک سال گذشته به لطف دخالت های یوجی ، دختر های میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند ، اما آنها سر خود را پایین خواهند انداخت و بدون توجه به اطرافشان اجازه می دهند دنیا تغییر کند؟ درهمین حال که پایان کارشان در آکادمی میهاما نزدیک می شود، آمانه ، ماکینا ،ساچی ، یومیکو و میچیر و همگی به یک نتیجه می رسند.
آکادمی میهاما یک مدرسه شبیه به زندان است. خانه ای برای پنج دانش آموز دختر که هر کدام دلایل خود را دارند. یک روز، یوجی اولین دانش آموز پسر مؤسسه وارد میشود و ریتم منظم میهاما را بهم می ریزد.