ماری و گل جادوگر ، یک انیمه ژاپنی می باشد که از روی کتابی کلاسیک به نام The Little Broomstick ساخته شده است. ماری یک دختر جوان معمولی است که در کنار عمه ی عالی خود Charlotte زندگی می کند و تاکنون هیچ ماجراجویی و حتی دوستی نداشته است.
آنا دختر تنهایی است که از خانواده خودش دور شده و به نورفولک فرستاده شده تا با خانواده پیر خانم و آقای پگ زندگی کند. او هیچ دوستی ندارد. یک روز بر روی تپه های شنی دختری بنام مارنی را ملاقات می کند، کسی که ظاهرش با باطنش تفاوت دارد و...
داستان انیمیشن درباره نوجوانی به نام شو است که از بیماری قلبی رنج می برد و قرار است به زودی تحت عمل جراحی قرار بگیرد. از همین رو برای استراحت و تقویت جسم و روحش به خانه ییلاقی خانوادگی‌شان آورده می‌شود. او در همان اولین لحظه‌‌های ورودش، یک لحظه با یک آدم کوچولو که دختر ۱۴ ساله‌‌ای به نام آریئتی است برخورد می‌کند. اما انسان‌ها نباید آدم کوچولوها را ببینند و…