
rock کارمند ساده مرکز بزرگ تجاری در ژاپن است . تفریحات او به سیگار کشیدن و صد البته تیپا خوردن از روسایش خلاصه می شود. بر حسب اتفاق ، او توسط یک گروه دزد دریایی به گروگان گرفته می شود و این آغاز زندگی جدید اوست. پس از آزادی وی ترجیح میدهد که به زندگی با این افراد ادامه دهد . این گروه به اسم Black Lagoon معروف بوده و از افراد زیر تشکیل شده است :- Revy ملقب به تیر اندازبا هر دو دست دختری با اصلیت چینی _ ژاپنی ، قصی القلب و البته ماهر در تیراندازی- Dutch آمریکایی سیاه پوست دورگه که رهبر گروه بوده و هماهنگی بین افراد و گرفتن ماموریتها بر عهده اوست. Benny : دانشجوی فلوریدایی که استاد در زمینه مخابرات و کامپیوتر بوده و وظیفه ارتباطات گروه رو بر عهده دارد. بعد از پیوستن راک به این گروه ، انیمه به روابط بین افراد گروه و ماموریتهای آنها می پردازد.


Diclonius ها موجودات شبه انسانی هستند که گفته می شود از جانب خدا برای نابودی انسان انتخاب شده اند. آنها با انسان ها دو فرق اساسي دارند: شاخهايی که روي سرشان دارند و قدرت جابه جايی اجسام از راه دور که به خاطر اين قدرت خطرناکشون توسط دولت دستگير و در آزماشگاههايی ويژه نگهداری مي شوند . يکي از اين موجودات به نام لوسي (که به شدت خطرناک است) گاردهای محافظ آزمايشگاه را به طرز فجيعی به قتل ميرساند و فرار ميکند ولی موقع فرار يک گلوله به سرش اصابت ميکند. او نمی ميرد ولی در آب ميافتد و حافظه خود را از دست ميدهد. در ساحل پسر و دختری به نامهای کوتا و يوکا او را در حالی که لباسی برتن ندارد و تنها قادر به گفتن يک کلمه است مي يابند.« نيو» تنها کلمه ای است که لوسی قادر به گفتن آن است به همين علت کوتا و يوکا او را نيو مينامند و با خود به خانه می برند. ولي لوسی هنوز روح شيطانی خود را از دست نداده...


R. Kenzo Tenma دکتر ژاپنی جوانی است که به عنوان جراح مغز در بیمارستانی که توسط Heinemann اداره میشود مشغول به کار میشود و مدارج ترقی را یکی پس از دیگری طی میکند و به موفقیت و اعتبار بسیار بالایی دست میابد و با Eva دختر Heinemann نامزد میشه اما او مخالف سیاست های درمانی ای است که بیمارستان در قبال بیماران مختلف اتخاذ میکند و...


در آینده ای نه چندان دور، سال ۲۰۳۰، خط میان زندگی دنیای مادی و دیجیتالی به هاله ای محو بدل شده است. حد و مرز تکنولوژی و انسانیت به گونه ای مافوق تصور فرا رفته و زندگی در دنیای الکترونیک همچون دنیای مادی در جریان است. با در هم آمیختگی انسان و ماشین گونه ی تازه ای از حیات سر بر آورده - گونه ای که به زودی انسانیت را برای همیشه دگرگون خواهد کرد...